The ELEGOO Neptune 4 มาพร้อมกับเฟิร์มแวร์ Klipper ที่ติดตั้งไว้ล่วงหน้า ใช้โปรเซสเซอร์ ARM 64-bit ความถี่หลัก 1.5G แบบควอดคอร์เพื่อการประมวลผลและการดำเนินการคำสั่งที่รวดเร็ว ทำให้สามารถพิมพ์ได้ด้วยความเร็วสูงถึง 500 mm/s เพิ่มประสิทธิภาพในการพิมพ์ได้มากขึ้น พร้อมด้วย ROM ขนาด 8G ที่ให้พื้นที่จัดเก็บเพียงพอสำหรับการพิมพ์ที่รวดเร็ว

นอกจากนี้ เครื่องพิมพ์ยังรองรับฟีเจอร์ขั้นสูง เช่น การปรับรูปแบบการพิมพ์ (input shaping) ซึ่งช่วยลดการสั่นสะเทือนของระบบการเคลื่อนไหวในเครื่องพิมพ์และอาร์ติแฟค เช่น การเกิดเสียงสะท้อน การเกิดคลื่น หรือภาพเงาในพื้นผิวของโมเดลที่พิมพ์ ฟังก์ชันการปรับแรงดัน (pressure advance) จะปรับการไหลของวัสดุตามความเร็วในการพิมพ์ ทำให้มีแรงดันที่สม่ำเสมอในหัวฉีดและลดปัญหาการไหลของวัสดุหรือการเกิดบล็อบได้อย่างมีประสิทธิภาพ